当院は現在の臨床研修制度が始まった平成16年度から、長崎大学の協力型臨床研修病院であると同時に、基幹型臨床研修病院として独自の卒後臨床研修を開始しています。
当院の研修内容は研修医の諸君が一人前の医師として必要な知識・手技を身につけることのできる多くの症状・病態・疾患を診断（診察）することのできるものとなっております。

　長崎市立市民病院は1948年(昭和23年)の開設以来、長崎市をはじめとする地域の皆様の医療の充実を図ってまいりました。救急医療に関しても、二次輪番病院として地域の医療機関と密接に連携して長崎地域の医療の充実のために日々努力を続けております。
　最近の医学の進歩はめざましく、一つの病院で全ての医療を行うことは困難になってきています。また限りある医療資源を効率的に活用するためにも地域の医療機関が役割を分担して皆様の健康を守っていく仕組みが必要であり、現在全国でその取り組みが進められています。
　当院は平成１７年１０月に地域医療支援病院の名称承認を受け、紹介外来・入院中心の地域の医療機関を支援する病院として、高度医療・救急医療に取り組んでおります。